محمدرضا باطنی در سال ۱۳۱۳ در اصفهان به دنیا آمد. تحصیلات ابتدایی را در اصفهان گذراند. در ۱۲ سالگی به علت بیماری سخت پدر و تنگدستی خانواده مجبور به ترک تحصیل شد و در بازار اصفهان پادویی کرد. پس از چند سال و هم‌زمان با کار در یک خرازی‌فروشی امکان این را پیدا کرد که در مدرسه‌ی شبانه ثبت نام کند و تحصیل را از سر بگیرد. در هجده سالگی توانست دوره‌ی اول دبیرستان را به اتمام برساند و به‌عنوان معلم به استخدام آموزش و پرورش درآید. برای پنج سال در دهات برخوار اصفهان معلم بود و هم‌زمان بدون حضور در کلاس درس هم می‌خواند و در نهایت در 23 سالگی توانست دیپلم ادبی خود را بگیرد. از خدمت سربازی معاف شد و توانست وارد دانشسرای عالی شود و در نهایت در سال ۱۳۳۹ از دانشسرایِ عالی در رشته زبان و ادبیات انگلیسی فارغ‌التحصیل شد. چون در طول دوران تحصیل شاگرد اول بود برای ادامه‌ی تحصیل به خارج از کشور اعزام شد و به این ترتیب در سال ۱۳۴۰ به انگلستان رفت و از دانشگاه لیدز فوق لیسانس زبان‌شناسی گرفت. سپس در لندن با پروفسور مایکل هالیدی بر روی نحو زبان فارسی بر اساس نظریه‌ی زبانی او برای دوره‌ی دکتری کار کرد.
رساله‌ای را که قرار بود در لندن از آن دفاع کند، با جرح و تعدیل‌هایی به فارسی برگرداند و با عنوان توصیف ساختمان دستوری زبان فارسی در دوره‌ی تازه تأسیس دکتری زبان‌شناسی دانشگاه تهران از آن دفاع کرد و در خرداد ماه ۱۳۴۶ موفق به دریافت درجه‌ی دکتری زبان‌شناسی همگانی و زبان‌های باستانی شد.
محمدرضا باطنی از همان سال‌های تدریس دانشگاهی، همکاری با مطبوعات را با نگارش مقاله‌هایی پیرامون مسائل اجتماعی و فرهنگی آغاز کرد. نخستین مقاله‌ای که برای روزنامه‌ها نوشت یک مبحث اجتماعی و درباره‌ی عدم اعتماد بود که در روزنامه‌ی آیندگان به چاپ رسید. پس از انقلاب هم ابتدا با ماهنامه‌ی آدینه و سپس دنیای سخن همکاری کرد و مقالاتی نیز در چند نشریه دیگر از او به چاپ رسید. مقالات تأثیرگذاری که مسیر پاره‌ای حرکات فرهنگی را تغییر داد. مثال بارز آن نقدی بود که در مجله آدینه بر کتاب «غلط ننویسیم» ابوالحسن نجفی با عنوان «اجازه بدهید غلط بنویسیم» نوشت یا مطلبی با عنوان «کتاب سالی که ضربه فنی شد» درباره‌ی کتاب آموزش عربی آذرتاش آذرنوش که بنابه ملاحظاتی از دور انتخاب کتاب سال کنار گذاشته شده بود. هم‌چنین می‌توان به مقاله‌ی جنجال‌برانگیز «فارسی، زبانی عقیم؟» اشاره کرد.
در سال ۱۳۶۴ با تقاضای مؤسسه‌ی فرهنگ معاصر شروع به تألیف یک فرهنگ دوزبانه‌ی انگلیسی- فارسی کرد. پس از هفت سال کار در اردیبهشت ۱۳۷۲ این فرهنگ منتشر شد. از آن پس باطنی به همکاری خویش با مؤسسه‌ی فرهنگ معاصر ادامه داده و حاصل این همکاری تألیف و تدوین طرح‌های گوناگون فرهنگ‌نویسی است.
محمدرضا باطنی، مؤلف کتاب‌های مرجعی چون «توصیف ساختمان دستوری زبان فارسی» (با ۲۷ بار تجدید چاپ)، «نگاهی تازه به دستورزبان» و «فرهنگ معاصر» (کتاب سال ایران در سال ۱۹۹۴) است. او علاوه بر تألیف و ترجمه‌ی آثار معتبری در زمینه‌ی زبان‌شناسی، مترجم ده‌ها کتاب و مقاله در زمینه‌های فلسفی و اجتماعی بوده که از آن میان می‌توان به «ساخت و کار ذهن»، «مقدمه‌ای بر فلسفه» و «فلسفهی هنر نیچه» اشاره کرد. دکتر باطنی در سال‌های ۷۲ تا ۷۵ همراه با هیئتی متشکل از کریم امامی، ایرج کابلی، علی‌محمد حق‌شناس، احمد شاملو، کاظم کردوانی و هوشنگ گلشیری در نشست‌هایی به منظور بازنگری در شیوه‌ی نگارش و خط فارسی شرکت داشته‌است.
